Como qualquer outro esporte, o CrossFit também carrega riscos à saúde dos seus praticantes. Da mesma forma que a ciência indica que há benefícios para o CrossFit, estudos recentes também apontam para o perigo de lesões causadas por movimentos repetitivos, sobretudo na região da coluna e nos ombros. Porém, vale ressaltar que o aparecimento de lesões também está associado à sobrecarga e ao excesso de treinos. Da mesma forma que a prática esportiva é benéfica por ser estimulante e gerar sensação de prazer, ela pode se tornar viciante e levar a pessoa a se esforçar para além dos limites que o seu corpo aguenta. 

Em média, os treinos de crossfit duram uma hora e geralmente são divididos em três partes: aquecimento, alongamento dinâmico e o WOD (sigla para Workout of the Day), que é a etapa onde são aplicados os exercícios de alta intensidade. O aquecimento, como em todas as atividades físicas, é a tarefa pré-treino indispensável para ajudar na prevenção de lesões; e no crossfit não é diferente. O objetivo é aquecer os músculos e deixá-los preparados para o treinamento. No alongamento dinâmico, os praticantes vão aperfeiçoar os movimentos, trabalhar a técnica e experimentar cargas diferentes com o objetivo de se antecipar para a próxima etapa do treinamento: o Workout of the Day. A terceira e última parte do treinamento, o WOD, se resume em praticar os exercícios trabalhados na fase anterior, mas com maior intensidade e dentro de tempo pré-estabelecido. Aqui, as pessoas são submetidas aos exercícios de levantar pesos, pneus e subir em cordas.  Essa parte é muito importante porque é nela que aqueles benefícios acima citados vão ser conquistados. E a depender do grau atlético de cada um, no WOD são realizadas várias séries de exercícios, no menor tempo possível, e com pouco ou nenhum intervalo entre eles.

No momento pré-treino, o corpo já se encontra em estado de atenção e alerta em função da excitação que o CrossFit costuma provocar. Nessa hora, o corpo já começa a se preparar para o treino, levando a um aumento da capacidade de consumo de oxigênio por parte do organismo.

Na fase mais empolgante e dinâmica do treino, o WOD, acontece o aumento da frequência cardíaca e aumento da velocidade respiratória. Isso ocorre para que o corpo seja abastecido com a quantidade de oxigênio necessária. Porém, em exercícios mais intensos, o organismo aciona os sistemas energéticos de rápida resposta e curta duração que não dependem de oxigênio.

Por fim, quando o treino se encerra, o corpo do praticante de CrossFit continua produzindo neurotransmissores hormonais, como serotonina, testosterona, cortisol e liberação de GH (hormônio do crescimento), que ajudam a dar uma sensação de prazer, euforia e alívio. Além disso, há também o aumento da produção de mitocôndrias e da reserva de glicogênio muscular, que ajudam a gerar mais energia para a prática esportiva.